HiC新作斑马鱼基因组3D结构问世

染色质的空间结构对于基因表达程序的建立具有关键作用，随着基因组线性序列的测序组装，基因组的三维结构逐渐被揭晓，前有酵母、新月柄杆菌、大肠杆菌，后有人类、小鼠、果蝇、线虫、疟原虫，再有拟南芥、水稻、棉花等等，这次轮到又一个经典的模式物种啦——斑马鱼！

下面一起看看斑马鱼的基因组三维结构特征：

文章标题：

SystemicLossandGainofChromatinArchitecturethroughoutZebrafishDevelopment

发表时间：

年07月03日

发表期刊：

CellReports

在斑马鱼中，合子基因组激活（ZGA：zygoticgenomeactivation）之前，细胞周期只需15min，仅由S和M期构成。在ZGA之后，S期延长，出现了G2期。在受精后24h（24hrpostfertilization(hpf)），斑马鱼的大部分器官已经建立。那么斑马鱼胚胎发育过程中如何组织其基因组三维结构变化？本文采用Hi-C技术绘制了斑马鱼胚胎发育过程中的基因组三维结构特征及其动态变化，发现在发育的早期，当转录还未发生时，其三维结构已经建立。ZGA之后，三维结构发生变化，有些高级结构消失了，而在发育后期这些结构再次重新建立。

研究思路

Hi-C比较4个不同发育时期：2.25hpf(ZGA之前)、4hpf(ZGA之后)、8hpf(原肠胚形成)、24hpf(器官形成)。与已发表的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq联合分析。

研究结果

01

三维高级结构特征分析

斑马鱼胚胎基因组也存在

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