专题解读Stereoseq绘制斑马

深圳华大生命科学研究院联合华中农业大学等团队，利用华大自主研发的Stereo-seq时空组学技术，结合多切片策略，在单细胞分辨率水平上，对斑马鱼受精后24h（hpf,hourpost-fertilization）以内6个关键时间点（3.3、5.25、10、12、18、24hpf）的胚胎进行研究。研究人员首次绘制了斑马鱼胚胎早期发育的时空转录组图谱，构建了在组织空间维度上的发育轨迹。此研究能够直观地观察到，在原位组织上细胞是如何分化、迁移并发育形成各组织器官的。该文章于年5月4日发表在DevelopmentalCell，以下是文章第一作者刘畅博士的详细解读。

文章题目：Spatiotemporalmappingofgeneexpressionlandscapesanddevelopmentaltrajectoriesduringzebrafishembryogenesis

发表时间：年5月4日

发表期刊：DevelopmentalCell

主要研究团队：深圳华大生命科学研究院、华中农业大学团队等

影响因子：12.

DOI：10./j.devcel..04.

3月23日，刘畅博士应邀在“时空组学在动物研究中的策略和成果”的主题研讨会中就该研究做过主题报告，以上为视频详解。???

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研究背景

在严格的时空调控下，脊椎动物胚胎在较短时间窗口内，通过基因表达和细胞状态的剧烈改变促成发育，这是一个复杂的动态过程。其中，转录因子、信号通路、细胞外基质等多种因素在细胞增殖分化和细胞命运决定过程中发挥着重要的调控作用。在时间和空间纬度上，探究各个因素之间的分布关系和复杂调控，是解析胚胎发育的重要途径。

过去几年，利用单细胞组学技术，研究人员已经系统地揭示了斑马鱼如何从一个受精卵发育成完整个体的单细胞分子调控机制。然而，空间维度上理解转录组调控发育的机制，仍是全面认识发育的主要挑战。斑马鱼胚胎尺寸只有毫米数量级，目前，鲜有空间转录组技术能够满足其空间分辨率上的研究需求。

研究样本

空间转录组/单细胞转录组样本：受精后3.3、5.25、10、12、18、24h的斑马鱼胚胎。

研究策略

选取受精后24h内6个关键发育时间点的斑马鱼胚胎，对总共91张矢状面冰冻切片进行了Stereo-seq分析，搭建了斑马鱼早期胚胎发生时空转录组图谱在线开放资源库ZESTA(

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